De acordo com a Res. CNS n.º 466/12 em seu Inciso, VIII – DOS COMITÊS DE ÉTICA EM PESQUISA, são atribuições do CEP:

a) avaliar protocolos de pesquisa envolvendo seres humanos, com prioridade nos temas de relevância pública e de interesse estratégico da agenda de prioridades do SUS, com base nos indicadores epidemiológicos, emitindo parecer, devidamente justificado, sempre orientado, dentre outros, pelos princípios da impessoalidade, transparência, razoabilidade, proporcionalidade e eficiência, dentro dos prazos estabelecidos em norma operacional, evitando redundâncias que resultem em morosidade na análise;

b) desempenhar papel consultivo e educativo em questões de ética;

c) elaborar seu Regimento Interno.